1、保稅物流中心與境外之間的進出貨物報關
(1)應向物流中心主管海關辦理相關手續(xù)
(2)物流中心與境外之間進出的貨物，不實行進出口配額、許可證件管理
(3)從境外進入物流中心內的貨物，凡屬于規(guī)定存放貨物范圍內的貨物予以保稅
(4)屬于物流中心企業(yè)進口自用的辦公用品、交通運輸工具、生活消費品等以及保稅物流中心開展綜合物流服務所需進口的機器、裝卸設備、管理設備等，按照進口貨物的有關規(guī)定和稅收政策辦理相關手續(xù)。(不能免稅)
2、物流中心與境內之間的進出貨物報關
(1)出中心
①出中心進入關境內其他地區(qū)視同進口。按照貨物進入境內的實際流向和實際狀態(tài)填制進口貨物報關單，辦理進口報關手續(xù)。
②出中心運往境外填制出口貨物報關單，辦理出口報關手續(xù)。
(2)入中心
※貨物從境內進入物流中心視同出口，辦理出口報關手續(xù)。如需繳納出口關稅的，應當按照規(guī)定納稅；屬許可證件管理的商品，還應當向海關出具有效的出口許可證件。
※從境內運入保稅物流中心的原進口貨物，境內發(fā)貨人應當向海關辦理出口報關手續(xù)，經主管海關驗放；已經繳納的關稅和進口環(huán)節(jié)海關代征稅，不予退還。
※從境內運入物流中心已辦結報關手續(xù)的貨物，或者從境內運入物流中心供中心內企業(yè)自用的國產設備以及轉關出口貨物，海關簽發(fā)出口退稅報關單證明聯(lián)。
※從境內運入物流中心的下列貨物，海關不簽發(fā)出口退稅報關單證明聯(lián)：
①供中心企業(yè)自用的生活消費品、交通運輸工具
②供中心企業(yè)自用的各種進口設備
③特殊監(jiān)管區(qū)域之間往來的貨物。