海關(guān)對保稅加工貨物的監(jiān)管模式有兩大類，一類是物理圍網(wǎng)的監(jiān)管模式，包括出口加工區(qū)和跨境工業(yè)區(qū)；另一類是非物理圍網(wǎng)的監(jiān)管模式，采用紙質(zhì)手冊管理或計算機(jī)聯(lián)網(wǎng)監(jiān)管。
一、物理圍網(wǎng)監(jiān)管
所謂物理圍網(wǎng)監(jiān)管，是指經(jīng)國家批準(zhǔn)，在關(guān)境內(nèi)或關(guān)境線上劃出一塊地方，采用物理圍網(wǎng)，讓企業(yè)在圍網(wǎng)內(nèi)專門從事保稅加工業(yè)務(wù)，由海關(guān)進(jìn)行封閉的監(jiān)管。在境內(nèi)的保稅加工封閉式監(jiān)管模式為出口加工區(qū)，已經(jīng)施行了多年，有一套完整的監(jiān)管制度；在關(guān)境線上的保稅加工封閉式監(jiān)管模式為跨境工業(yè)區(qū)，目前只有一處，即珠澳跨境工業(yè)區(qū)，分澳門園區(qū)和珠海園區(qū)兩部分，在澳門特別行政區(qū)的部分是澳門園區(qū)，在珠海經(jīng)濟(jì)特區(qū)的部分是珠海園區(qū)。
二、非物理圍網(wǎng)
非物理圍網(wǎng)的監(jiān)管模式主要有以下兩種：
1、紙質(zhì)手冊管理
這是一種傳統(tǒng)的監(jiān)管方式，主要是用加工貿(mào)易紙質(zhì)登記手冊進(jìn)行加工貿(mào)易合同內(nèi)容的備案，憑以進(jìn)出口，并記錄進(jìn)口料件出口成品的實(shí)際情況，最終憑以辦理核銷結(jié)案手續(xù)。這種監(jiān)管方式在海關(guān)對保稅加工貨物監(jiān)管中曾經(jīng)起過相當(dāng)大的作用，但隨著對外貿(mào)易和現(xiàn)代科技的調(diào)整發(fā)展，將逐漸被聯(lián)網(wǎng)監(jiān)管模式所替代。目前尚在一定的范圍內(nèi)使用。
2、計算機(jī)聯(lián)網(wǎng)監(jiān)管
計算機(jī)聯(lián)網(wǎng)監(jiān)管是一種高科技的監(jiān)管方式，主要是應(yīng)用計算機(jī)手段實(shí)現(xiàn)海關(guān)對加工貿(mào)易企業(yè)實(shí)施聯(lián)網(wǎng)監(jiān)管，建立電子賬冊或電子手冊，備案、進(jìn)口、出口、核銷，全部通過計算機(jī)進(jìn)行。海關(guān)管理科學(xué)嚴(yán)密，企業(yè)通關(guān)便捷高效，受到普遍歡迎，將成為海關(guān)對保稅加工貨物監(jiān)管的主要模式。這種監(jiān)管方式以分為兩種，一種是針對大型企業(yè)的，以建立電子賬冊為主要標(biāo)志，以企業(yè)為單元進(jìn)行管理，不再執(zhí)行銀行“保證金臺賬”制度，已經(jīng)實(shí)施了多年，形成了完整的監(jiān)管制度；另一種是針對中小企業(yè)的，以建立電子手冊為主要標(biāo)志，繼續(xù)以合同為單位，執(zhí)行銀行“保證金臺賬”制度，現(xiàn)在已開始施行，今后將逐漸取代紙質(zhì)手冊管理。