保稅加工貨物進出境由加工貿(mào)易經(jīng)營單位或其代理人向海關申報。
保稅加工貨物進出境申報必須持有加工貿(mào)易手冊或其他準予合同備案的憑證。
保稅加工貨物進出境的報關程序與一般進出口貨物一樣，也有4個環(huán)節(jié)，其中申報、配合查驗、提取貨物或裝運貨物3個環(huán)節(jié)與一般進出口貨物基本一致，見一般進出口貨物的報關程序。有區(qū)別的是，保稅加工貨物進境的報關程序第3個環(huán)節(jié)不是繳納稅費，而是暫緩納稅，即保稅。除此以外，還有以下區(qū)別：
加工貿(mào)易企業(yè)在主管海關備案的情況在計算機系統(tǒng)中已生成電子底賬，有關電子數(shù)據(jù)通過網(wǎng)絡傳輸?shù)较鄳目诎逗ｊP，因此企業(yè)在口岸海關報關時提供的有關單證內(nèi)容必須與電子底賬數(shù)據(jù)相一致。也就是說，報關數(shù)據(jù)必須與備案數(shù)據(jù)一致，一種商品報關的商品編碼、品名、規(guī)格、計量單位、數(shù)量、幣制等必須與備案數(shù)據(jù)無論在字面上還是計算機格式上都完全一致。若不一致，報關就不能通過。
保稅加工貨物進出境報關的許可證件管理和稅收征管要求如下：
(1)關于進出口許可證件管理
①進口料件，除易制毒化學品、監(jiān)控化學品、消耗臭氧層物質(zhì)、原油、成品油等個別規(guī)定商品外，均可以免予交驗進口許可證件。這里所稱“免予交驗進口許可證件”，并不包括涉及公共道德、公共衛(wèi)生、公共安全所實施的進出口管制證件。
②出口成品，屬于國家規(guī)定應交驗出口許可證件的，在出口報關時必須交驗出口許可證件。
(2)關于進出口稅收征管
準予保稅的加工貿(mào)易料件進口時暫緩納稅。加工貿(mào)易項下出口應稅商品，如系全部使用進口料件加工生產(chǎn)的產(chǎn)(成)品，不征收出口關稅。加工貿(mào)易項下出口應稅商品，如系部分使用進口料件、部分使用國產(chǎn)料件加工的產(chǎn)(成)品，則按海關核定的比例征收出口關稅。
具體計算公式是：
出口關稅=出口貨物完稅價格×出口關稅稅率X出口產(chǎn)(成)品中使用的國產(chǎn)料件和全部料件的價值比例
出口貨物完稅價格由海關根據(jù)《中華人民共和國海關審定進出口貨物完稅價格辦法》(以下簡稱《審價辦法》)的規(guī)定審核確定。
加工貿(mào)易出口的特殊商品，應征出口關稅的，按照有關規(guī)定辦理。例如：加工貿(mào)易出口未鍛鋁，不論是否有國產(chǎn)料件投入，一律按一般貿(mào)易出口貨物從價計征出口關稅。