中華人民共和國國家出入境檢驗檢疫局組建于1998年3月，系根據(jù)國務(wù)院機構(gòu)改革方案，由原國家進出口商品檢驗局、原農(nóng)業(yè)部動植 物檢疫局和原衛(wèi)生部衛(wèi)生檢疫局合并組建而成，為副部級政府部門。2001年4月經(jīng)國務(wù)院決定國家質(zhì)量技術(shù)監(jiān)督局與國家出入境檢驗檢疫局合并，組建中華人民共和國國家質(zhì)量監(jiān)督檢驗檢疫總局（正部級，簡稱國家質(zhì)檢總局）。 但出入境檢驗檢疫局作為相對獨立的機構(gòu)其職能并沒有改變。
出入境檢驗檢疫局是主管出入境衛(wèi)生檢疫、動植物檢疫、商品檢驗、鑒定、認證和監(jiān)督管理的行政執(zhí)法機構(gòu)，主要職責(zé)是：
（一）研究擬定有關(guān)出入境衛(wèi)生檢疫、動植物檢疫及進出口商品 檢驗法律、法規(guī)和政策規(guī)定的實施細則、辦法及工作規(guī)程，督促檢查 出入境檢驗檢疫機構(gòu)貫徹執(zhí)行。
（二）組織實施出入境檢驗檢疫、鑒定和監(jiān)督管理；負責(zé)國家實 行進口許可制度的民用商品入境驗證管理；組織進出口商品檢驗檢疫 的前期監(jiān)督和后續(xù)管理。
（三）組織實施出入境衛(wèi)生檢疫、傳染病監(jiān)測和衛(wèi)生監(jiān)督；組織 實施出入境動植物檢疫和監(jiān)督管理；負責(zé)進出口食品衛(wèi)生、質(zhì)量的檢 驗、監(jiān)督和管理工作。
（四）組織實施進出口商品法定檢驗；組織管理進出口商品鑒定 和外商投資財產(chǎn)鑒定；審查批準法定檢驗商品的免驗和組織辦理復(fù)驗。
（五）組織對進出口食品及其生產(chǎn)單位的衛(wèi)生注冊登記及對外注 冊管理；管理出入境檢驗檢疫標志、進口安全質(zhì)量許可、出口質(zhì)量許 可并負責(zé)監(jiān)督檢查；管理和組織實施與進出口有關(guān)的質(zhì)量認證認可工 作。
（六）負責(zé)涉外檢驗檢疫和鑒定機構(gòu)（含中外合資、合作的檢驗、 鑒定機構(gòu)）的審核認可并依法進行監(jiān)督。
（七）負責(zé)商品普惠制原產(chǎn)地證和一般原產(chǎn)地證的簽證管理。
（八）負責(zé)管理出入境檢驗檢疫業(yè)務(wù)的統(tǒng)計工作和國外疫情的收 集和分析，提供信息指導(dǎo)和咨詢。
（九）擬定出入境檢驗檢疫科技發(fā)展規(guī)劃；組織有關(guān)科研和技術(shù) 引進工作；收集和提供檢驗檢疫技術(shù)情報。
（十）垂直管理出入境檢驗檢疫機構(gòu)。
（十一）開展有關(guān)出入境檢驗檢疫方面的國際合作與技術(shù)交流， 按規(guī)定承擔(dān)技術(shù)性貿(mào)易壁壘和檢疫協(xié)議的實施工作，執(zhí)行有關(guān)協(xié)議。
（十二）承辦國務(wù)院及海關(guān)總署交辦的其他事項。